Lãnh đạo Thanh tra Bộ gồm có Chánh Thanh tra và các Phó Chánh Thanh tra. Số lượng Phó Chánh Thanh tra thực hiện theo quy định của pháp luật và của Bộ.
Chánh Thanh tra chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng và trước pháp luật về việc thực hiện các chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Bộ.
Các Phó Chánh Thanh tra giúp Chánh Thanh tra quản lý, điều hành hoạt động của Thanh tra Bộ; được Chánh Thanh tra phân công trực tiếp quản lý, chỉ đạo một số lĩnh vực, nhiệm vụ công tác; chịu trách nhiệm trước Chánh Thanh tra và trước pháp luật về những lĩnh vực công tác được phân công.
b) Các tổ chức thuộc Thanh tra Bộ:
- Phòng Tổng hợp và Xử lý sau thanh tra;
- Phòng Thanh tra hành chính;
- Phòng Thanh tra chuyên ngành;
- Phòng Tiếp công dân và Giải quyết khiếu nại, tố cáo.
Việc thành lập, tổ chức lại, giải thể các tổ chức thuộc Thanh tra Bộ do Bộ trưởng quyết định trên cơ sở đề nghị của Chánh Thanh tra Bộ và Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ.
Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và mối quan hệ công tác giữa các tổ chức thuộc Thanh tra Bộ do Chánh Thanh tra quy định.